亚冠二级联赛将继续沿用上赛季赛制，和改制前的亚冠联赛类似，工具亚区共32支球队将被分入8个小组进行主客场双循环角逐，每组前两名将晋级淘汰赛。

工具亚区仍将离开抽签，每个小组将会划分有一支来自本区域1号、2号、3号、4号种子的球队，北京国安和曼谷联、大阪钢巴、浦项铁人同为1号种子球队，因此他们将不会分在同一小组。同时，抽签时还将遵循同协会回避的原则，即来自同一协会的球队将不会分在同一小组。

新赛季的亚冠二级联赛小组赛将划分在9月16-18日、9月30-10月2日、10月21-23日、11月4-6日、12月10-11日（西亚区12月23-24日）举行。